#!/usr/bin/env bash

####on vérifie qu'un parametre au moins est passé en argument
if [ $# -lt 1 ];then
	echo -e "\n ERROR : scriptIBD.sh <dataname> <IBD training sample file> <mapFile>\n" 1>&2
	exit 1
fi

filename=$1 #récupération du 1er parametre

#### création des répertoires ped 12 et outplink s'ils n'existent pas déjà
if [ ! -d ped12 ];then
	mkdir ped12
fi
if [ ! -d outplink ];then
	mkdir outplink
fi
if [ ! -d forIdcoeff ];then
	mkdir forIdcoeff
fi
if [ ! -d newtfile ];then
	mkdir newtfile
fi

#filename=${file%.*} # supprime l'extension du fichier
dataname=`basename $filename` #supprime le chemin du fichier
echo $filename
echo $dataname
	
	# création des fichiers d'entrée pour le script1.r
	plink --noweb --bfile $filename --transpose --recode --out outplink/$dataname

	echo -e "\n########### CREATE FILES FOR idcoeff : $line #############\n"
	Rscript script1.r outplink/$dataname.tfam

	echo -e "\n############# SETTING UP idcoeff : $line ###############\n"
	# Lancement de idcoeffD
#	./idcoefs -p forIdcoeff/pedcoef_$dataname.p -s forIdcoeff/pedcoef_$dataname.s -o reskin_$dataname

	# modification des fichiers de sortie de idcoeff
#	perl modif_idcoefoutput.pl $dataname reskin_$dataname forIdcoeff/corresp_$dataname.txt

	echo -e "\n########### CREATE FILES FOR IBDLD : $line #############\n"
#	Rscript script2.r outplink/$dataname.tped outplink/$dataname.tfam forIdcoeff/orderped_$dataname".p" $dataname
#	perl create_newtfam.pl $dataname forIdcoeff/orderped_$dataname.p outplink/$dataname.fam
#	plink --noweb --tfile newtfile/$dataname"_new" --recode --out $dataname"_tmpnew"

#	cut -d" " -f1-5,7- $dataname"_tmpnew.ped" > $dataname"_new.ped"
	echo -e "\n############# SETTING UP IBDLD : $line ###############\n"
#	./IBDLD -o $dataname -p $dataname"_new.ped" -m $3 -i ibdldreskin_$dataname -method LD-RR -ploci 10  -ibd 3 -hbd -unphased $2  #$2 Training Sample File, $3 map file
	

#rm *_tmpnew

# example de commande ./scriptIBD2.sh datas/brugada7 datas/tsfdesir.txt datas/brugada8.map
